L'accès à l'église du Corpus Christi se situe dans la calle Real. Un arc gothique du XV siècle permet de pénétrer dans un patio, au fond duquel se trouve une porte en fer à cheval. Dans la partie centrale de celle-ci, on trouve l'inscription "Soli Deo honor et gloria" (Au Dieu unique, honneur et gloire) et dans un angle, la date de la première restauration.
Une légende raconte qu’en 1410 le sacristain de l’église de San Facundo avait beaucoup de dettes et demanda un prêt à un riche médecin juif de la ville. Ce dernier accepta à condition de recevoir en échange une hostie consacrée. Le sacristain consentit et l’échange se fit une nuit dans une rue qui maintenant s’appelle
« Malconsejo » (mauvais conseil), en souvenir de cet évènement. Le médecin se réunit avec d’autres juifs dans la grande synagogue de Ségovie et ils décidèrent de jeter l’hostie consacrée dans une casserole d’eau bouillante. Mais avant de frôler l’eau, l’hostie resta suspendue dans les airs. Alors la synagogue commença à trembler et une fente s’ouvrit dans un mur d’où sortit miraculeusement le corps du Christ, qui traversa la ville en volant pour se réfugier dans le Monastère de la Sainte Croix.
Lorsque l’évêque de Ségovie apprit ce fait, il voulut connaître sa cause et ouvrit une enquête. Le sacristain avoua immédiatement et le médecin fut arrêté et condamné à mort. Le roi Juan II confisqua la synagogue et l’offrit à l’évêque qui la consacra au culte chrétien et la fit appeler l'église du Corpus Christi, comme témoignage de ce qui s'y était passé. Il la céda à la communauté religieuse des Clarisses qui l’occupe toujours.
À l’entrée de l’église du Corpus Christi, un tableau de Vicente Cutanda qui porte le titre « Le miracle de l'Eucharistie", illustre ce fait.
Cette église constitue un lieu sacré pour les religions chrétienne et juive. Elle a servi de synagogue jusqu’en 1410, date à laquelle elle a été saisie à la communauté juive. Parmi les cinq synagogues que compta la ville, c'est celle qui a le mieux conservé sa structure d'origine, malgré l'incendie vorace de 1899, qui détruisit sa toiture et ses éléments décoratifs.