L'établissement est fondé en 1664 par Charles Melanson dit La Ramée et Marie Dugas, son épouse. En 1713, neuf familles - 16 adultes et 25 enfants - vivent au sein de l'établissement. De sa fondation à la Déportation, quatre générations de Melanson s'y sont succédé.

Estimés entre dix à douze ménages, les habitants de l’Établissement Melanson font partie des 1 666 Acadiens de la région d'Annapolis Royal déportés en décembre 1755. Les bâtiments de l'établissement sont alors détruits.

Après la Déportation, des familles fuient au Québec, certaines se réfugient en France, tandis que le sort des autres reste toujours inconnu.