Entre 1702 et 1713, durant la guerre entre Français et Anglais, Benjamin Church attaque Pisiguit ainsi que Grand-Pré et Beaubassin. Church fait des prisonniers et se vante de n'avoir laissé que cinq maisons debout dans toute l'Acadie. Noël Doiron, qui deviendra un important chef acadien, est notamment fait prisonnier le 4 juin 1704.

Les Britanniques construisent le Fort Edward à Pisiguit en 1750 sur les lieux de l'église Sainte-Famille qu’ils ont fait démanteler de force par les Acadiens. Le fort sert à surveiller les Acadiens de Pisiguit et à contrôler le passage des navires qui veulent emprunter la baie de Fundy. Son premier commandant, le capitaine Gorham, est blessé dans une escarmouche à la rivière Sainte-Croix. 

Le 5 septembre 1755, le capitaine Alexander Murray, alors commandant du fort, fait la lecture de l’ordre de Déportation.

Le 20 octobre de la même année, 1 066 Acadiens sont déportés depuis Pisiguit et embarqués dans quatre navires : le Neptune, Les Trois Amis, le Dolphin et le Ranger. Ceux qui sont capturés ou se sont rendent après s’être cachés des années dans les bois sont aussi détenus au Fort Edward entre 1755 et 1762.

Après la Déportation, le fort devient une prison. Les prisonniers acadiens sont embauchés pour aider les Planters à la construction ainsi qu'à la maintenance des digues. La majorité des Acadiens qui se sont rendus en Louisiane viennent des régions de Pisiguit et Beaubassin.