La première chapelle de la Réparation fut construite en 1896 grâce aux efforts et à la ferveur de Marie de la Rousselière, arrivée au Québec quelques années auparavant, cette femme d'origine française avait déjà laissé sa marque en orchestrant de nombreuses oeuvres eucharistiques à Montréal.
En 1946, le sculpteur Armand Filion réalisa dans la pierre la représentation du Sacré-Coeur, de saint François d'Assise et de sainte Marguerite-Marie sur le tympan au-dessus de la porte centrale de la chapelle.
Au fil des années, le Sanctuaire se développa de façon considérable. En 1921 on érigea un monastère pour les frères Capucins.
En 1959, devant l'afflux de fidèles venus se recueillir au Sanctuaire, on entreprit la construction de la grande chapelle Padre Pio de 1500 places, réalisée par André Blouin, architecte et urbaniste de Montréal.
Par sa chapelle, par son monastère, par son célèbre chemin de croix et surtout par le rôle qu'il a joué dans l'histoire religieuse de Pointe-aux-Trembles, le Sanctuaire demeurera toujours l'une ses institutions les plus remarquables de la région.
Dans le boisé de la Réparation, à la fin du chemin de croix, on peut découvrir un chêne qui serait l’arbre le plus âgé de Montréal (plus de 360 ans).