L’écosystème de la rivière Mistassini est riche d’au moins 18 espèces de poissons . Leurs habitats respectifs sont répartis dans les différents secteurs de la rivière. Cette diversité de la faune aquatique représente un indicateur probant de la santé du cours d’eau.
Parmi la variété des espèces présentes, quatre d’entre elles sont davantage recherchées par les amateurs de pêche : la ouananiche, le doré jaune, le grand brochet et le grand corégone. La ouananiche et le doré jaune font l’objet d’une attention particulière.
Pour la ouananiche, c’est à cause de l’histoire de son espèce. À l’origine de ce poisson se trouve le saumon de l’Atlantique, qui habitait la région lorsqu’elle était recouverte par la mer de Laflamme, il y a environ 10 000 ans. Les eaux se sont retirées et dessalées, mais le saumon est resté, s’adaptant à l’eau douce et à ce nouvel environnement. Ce poisson unique a attiré dans la région des pêcheurs du monde entier, au début du 20e siècle. En langue innue, son nom signifie « le petit égaré ». Il s’est en effet égaré de la mer où le saumon vivait .
Le doré jaune, pour sa part, est protégé depuis une vingtaine d’années en raison de sa population. En effet, pour ce poisson figurant au deuxième rang des espèces pêchées au Québec, la surpêche a diminué le nombre de spécimens. Toutefois, les quotas de pêche pour le doré jaune sont plus élevés dans la région, du fait d’une meilleure santé de l’espèce sur notre territoire .