Parmi les enfants de Louis Aubert et d’Amanda Beaudoin, Émilien se spécialise en bactériologie. Après avoir complété en 1941, ses deux ans en médecine à l’université de Montréal, le docteur Aubert travaille à l’hôpital des vétérans de Sainte-Anne-de-Bellevue, tout en continuant à se perfectionner.
Après un séjour en Europe en 1950, Émilien Aubert se rend étudier à l’institut Pasteur de Paris, où il complète une formation deux ans plus tard, à l’institut de recherche en médecine à l’Université Duke à Durham, en Caroline du Nord.
Photo : Émilien Aubert, 1950. « M. Émilien Aubert à l’Institut Pasteur », La Patrie, Montréal, 29 juin 1950.