Dès le début de 2005, la Fabrique de la paroisse décida, en raison de la diminution de la pratique religieuse et des problèmes liés aux coûts d'entretien et de désamiantation, de partager un autre lieu de culte -celui de l’église Sainte-Maria-Goretti- ,de procéder à la démolition des bâtiments de Sainte-Germaine-Cousin et de vendre le terrain.Lors de l'étude de la demande de permis de démolition, au mois de mai 2006, plusieurs organismes dont l'Atelier d'histoire de la Pointe-aux-Trembles s'opposèrent à la démolition de ces bâtiments en raison, en particulier, de la représentativité de la forme architecturale de cette église dans l'histoire contemporaine de l'architecture au Québec.
L'église avait été construite entre 1960 et 1962. L'architecte Gérard Notebaert, alors âgé de 33 ans, avait voulu renouveler la conception de l'architecture religieuse en créant ici une voûte de forme pyramidale, haute de 56 pieds, déposée sur un plan centré sur un périmètre carré mais disposée à 45 degrés par rapport à la rue Notre-Dame. Une grande croix en acier, face au fleuve, s'inscrivait dans le clocher circulaire qui couronne l'église en son centre, toutes les surfaces étant peintes en blanc.Les grands pans verticaux vitrés, sauf celui de la façade sud, créés aux extrémités des bras de la croix grecque, contrairement à la forme traditionnelle de la croix latine, marquaient les trois accès à l'église. Le béton armé fut utilisé pour les fondations, le plancher, la voûte et la toiture.
Le rez-de-chaussée était presqu'entièrement composé d'une succession de fenêtres. Pour ajouter à la quiétude des fidèles, un muret de briques d'argile de forme circulaire fut construit autour de l'église, à une distance suffisante pour les isoler de l'agitation de la rue mais également pour laisser entrer la lumière naturelle.
La salle ronde sur la 53e avenue près de la rue Notre-Dame accueillait les groupes sociaux et était louée à des fins récréatives et sociales. Le sous-sol accueillait les scouts. Elle sera sacrifiée – comme le presbytère – pour réaliser l’actuel projet.
Nous ne retrouvons que deux autres églises comparables dans le monde, soit la cathédrale Saint Mary of the Assumption de San Francisco (1967) et la cathédrale Sainte-Marie de Tokyo (1961).Cette église est à Montréal, parmi les pionnières de ce parti de construire et d'aménager les sanctuaires. Sainte-Germaine-Cousin se démarque de ces églises par son échelle et la monumentalité de son implantation, mais aussi par le fait qu'elle est le premier exemple de forme pyramidale dans le diocèse de Montréal. Elle fait partie également du mouvement dit des « églises blanches » du Saguenay.
Depuis 2016,1e bâtiment porte maintenant le nom de Centre Sainte-Germaine-Cousin hébergeant un Centre de la petite enfance (CPE) et disposant d'une grande salle polyvalente. La Corporation Le Mainbourg, propriétaire du site, a fait appel à la firme Rayside Labossière pour réaliser la transformation de l'église en un centre communautaire mais aussi pour la réalisation d'un immeuble de cinq étages à des fins d'habitation sociale. Cet immeuble d'habitation en forme de courbe préserve l'œuvre de l'architecte Notebaert tout en mettant en valeur l'habitation intégrée à ce patrimoine architectural.Notons que la réutilisation de l'église s'est méritée une mention spéciale du jury pour les Prix du Conseil du patrimoine religieux du Québec en 2016 dans la catégorie réutilisation du patrimoine religieux ».