Depuis le début des années 1700, cinq églises se sont succédé à Trois-Pistoles, chacune marquant une étape importante de l’évolution de la communauté. La majestueuse église actuelle couronne cet héritage séculaire. Mais avant d’en découvrir les splendeurs, remontons le temps jusqu’à la toute première église, celle qui a vu naître la vie paroissiale de Trois-Pistoles.
La première église de Trois-Pistoles fut érigée vers 1700, à l’époque des premiers colons et des missionnaires venus d’Europe par le fleuve Saint-Laurent. Elle prenait la forme d’une modeste chapelle de bois d’environ 30 pieds de longueur, dressée tout près du rivage, là où accostaient les bateaux, au rythme du fleuve et des saisons.
Bien que le bâtiment fut démoli en 1817 sous le décret du seigneur Jean Rioux de Trois-Pistoles, une croix installée près de l’entrée du quai marque aujourd’hui l’emplacement approximatif de cette première église, comme une mémoire silencieuse tournée vers le large.
En raison de la forte croissance de la population au cours du siècle suivant, une deuxième église fut construite à partir de 1801, directement en face de la première, devenue trop étroite pour accueillir l’ensemble des paroissiens de Trois-Pistoles. Érigée en colombage, cette seconde église mesurait environ 76 pieds de longueur sur 32 pieds de largeur, témoignant d’une communauté en pleine expansion.
Dans la continuité de cette évolution, la paroisse changea de dénomination en 1814, passant de Notre-Dame-des-Anges à Notre-Dame-des-Neiges, nom qu’elle porte encore aujourd’hui.
Construite en 1843, la troisième église est la première à être réalisée en pierre. Elle est érigée à proximité de la deuxième église, toujours en bordure du fleuve.
C’est à cette époque qu’émerge un conflit au sein de la communauté de Trois-Pistoles. Les citoyens établis en bordure du fleuve, dans le bas de la ville, principalement des notaires, marchands et autres notables regroupés autour du seigneur Rioux, occupent une position influente. En contraste, le plateau situé en hauteur — où se trouvent aujourd’hui l’église actuelle et le centre-ville — est davantage habité par des agriculteurs et des travailleurs.
Cette dualité entraîne une division parmi les paroissiens quant à l’emplacement de la future église.
Ce plan situe les trois premières églises de Trois-Pistoles à travers le temps et localise leurs cimetières respectifs.
Les paroissiens du haut de la côte décident de construire leur propre église en 1844, presque simultanément à l’édification de la troisième église située en bordure du fleuve. C’est pourquoi deux églises coexistent à Trois-Pistoles pendant plusieurs années. Cette église, surnommée à l’époque l’« église des Dissidents », est construite à l’emplacement actuel du parc de l’église.
En 1848, la deuxième église, toujours debout et située en face de la troisième, est détruite par un incendie dont l’origine demeure inconnue, certains évoquant un acte criminel lié aux tensions entre les paroissiens du haut et du bas de la côte.
Finalement, avec l’arrivée de curé Léon Roy, un apaisement s’installe et les pratiques religieuses sont progressivement transférées vers l’église du haut. Celle-ci manque d'espace, ce qui mènera à la construction d’une cinquième église, considérée comme l’église de la réconciliation.
À partir de 1882, la construction de la cinquième église débute. Les pierres de la quatrième église sont réutilisées pour son édification.
En hommage aux hommes ayant marqué l’histoire de la réalisation de Notre-Dame-des-Neiges, les prêtres Olivier-Désiré Vézina et Damase Morisset reposent dans la crypte de l’église.