L’origine du nom de la rivière Madawaska n’est pas claire. Certains historiens partagent l’avis que l’appellation viendrait du mot micmac madouska, signifiant la rivière qui ne gèle pas.
Selon une autre interprétation, Madawaska signifie plutôt terre du porc-épic.
Le nom de Madawaska a, par ailleurs, été attribué à la ville américaine voisine, située tout juste de l'autre côté du fleuve.
Pour sa part, la ville d'Edmundston tire son nom d'un ancien gouverneur du Nouveau-Brunswick, Sir Edmund Walker Head qui, en 1856, visita pour la première fois le Madawaska, avant l'arrivée des premiers colons