L’origine de cette institution ainsi que celle du Collège de Saint-Boniface remonte à 1818, au moment où l’abbé Provencher arrive à la Rivière-Rouge.
D’abord située dans le presbytère, l’école occupe ensuite un petit bâtiment de bois qui est détruit par le feu. Un nouveau bâtiment, fait de pierre, est alors dédié à l’éducation.
De 1883 à 1908, l’école occupe le vieux bâtiment du Collège situé au nord de l’archevêché actuel, mais au sud du boulevard Provencher. L’édifice de l’avenue de la Cathédrale érigé en 1906 est alors consacré à l’éducation des garçons.
En 1912, l’aile ouest a été construite pour ajouter 36 salles de classes. Les filles intègrent l’institution en 1968. Une plaque commémorative du 90e anniversaire de l’inauguration de l’École Provencher se trouve sur la grande pierre située devant les portes de l’entrée principale de cet édifice. Celui-ci, devenu publique, fait partie de la Division Scolaire Louis-Riel et offre un programme d’immersion francophone aux filles et aux garçons, de la maternelle à la troisième année inclusivement.